По спецификации, NTFS поддерживает 4,294,967,295 файлов на диске. В принципе, все 4 миллиарда могут быть в одном фолдере, файловой системе все равно.

Но, конечно, некоторым аппликациям, которые недостаточно хорошо оптимизированы, может быть не все равно. Поэтому обычно их все же разносят по сабфолдерам, по какому-нибудь хешу, например, или по первой паре букв в названии если они достаточно рандомизированы, и.т.п.